上海微生物高通量测序项目

为什么要用单细胞测序技术？细胞是生物体结构和功能的基本单位，在生物体生长发育的过程中，因细胞类型、外界环境以及内部调节因素的不同，其转录组信息也不尽相同。由于基因组和表观遗传的重编程，以及在细胞分裂和分化过程中出现的误差造成来自同一细胞系或个体的细胞呈现出不同的基因组、转录组和表观基因组[4]。这就是我们上面提到的细胞异质性。细胞异质性是生物组织和生物系统的普遍特征[5]。但是我们常规的二代测序检测的是一个细胞群体的基因组、转录组的信息，如培养的大量细胞、动植物组织甚至是整个生物体。在过去的20多年中，人们对转录组的人数仍然局限在群体水平[6]。这种方法可以为我们提供大量的基因组或转录组数据，却无法揭示细胞的异质性。传统方法得到的是细胞群的平均基因组，而单细胞测序测量的是细胞群中单个细胞的基因组[7]。现在也有学者为了区分传统测序和单细胞测序的区别，将传统方法称为批量测序。寄送 RNA 样品请置于 1.5 ml 离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用 Parafilm 封口。上海微生物高通量测序项目

生工高通量测序部拥有丰富的样品处理经验，日均处理样品200余例，涵盖污泥、粪便、海底沉泥、水体滤膜、植物组织、动物组织/细胞等样品，省去您处理样品的繁琐过程。生物信息分析经验丰富，可以满足客户标准分析到定制分析作图的需求。且生工一直秉持只要生工已经标准化的分析内容（以生工分析报告模板为准），全部free。生工生物拥有生命科学领域较全的产品及服务体系，可以承接从分子到蛋白各个层级的实验项目，一站式解决问题。同时生工生物单细胞团队目前已同时拥有10xGenomicsChromiumController和ChromiumX双平台，可为您提供超高通量和低通量单细胞样本双重。上海地区lncRNA高通量测序高通量组织材料样品（提取RNA用）建议将标签用胶带贴到管壁，干冰运输。

真核/原核有参mRNA-Seq，项目介绍：转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的gather，狭义上指所有mRNA的gather。转录组是研究基因表达的主要手段，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体重要的调控方式，通过转录组测序分析转录水平的调控，是目前运用较多的研究方式。测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据经过质控后，mapping至参考基因组序列，对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。

使用显微镜进行悬液质检操作时应注意：1.使用血球计数板时，可以提前镜检观察每小格计数室内是否洁净无杂质。若有杂质灰层，则需要多次清洗，直至计数室洁净无瑕；2.质检前将悬液轻微震荡或使用扩口***头吹打混匀；3.台盼蓝染色后需要尽快完成细胞计数，一般建议不要超过10分钟；4.如果方格中细胞数目过多，难以数清，应当对细胞悬液进行稀释以便于计数；5.对于压在方格界线上的细胞应当计数同侧相邻两边上的细胞数，一般可采取“数上线不数下线，数左线不数右线”的原则处理，另两边不计数。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长，平均可达10 kb以上。

单细胞悬液质检方法，在进行单细胞悬液质检时，需要用到以下两大质检利器的辅助：荧光细胞计数仪（主要使用台盼蓝和双荧光AO/PI染色法）进行质检。首先我们先要了解一下细胞质检时染料染色的原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。荧光细胞计数仪检测结果可以让我们直观的看到：细胞浓度（总细胞，活细胞，死细胞）、细胞存活率（台盼蓝和双荧光AO/PI染色）、细胞平均直径、细胞聚团率、细胞直径分布等结果的展示。一台10xGenomics Chromium X仪器能够在单次运行中分析数百至数十万个细胞，让百万级的细胞研究变得常规。靶向捕获高通量测序公司

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通过显微镜使用血球计数板质检能观察到悬液背景质量和细胞数目及活性的评估。让我们再来回顾一下台盼蓝染色原理：台盼蓝染色原理：台盼蓝不能透过活细胞正常完整的细胞膜，故活细胞不被染色。而死细胞的细胞膜透性增高，可使染料进入细胞内而使死细胞染成淡蓝色。怎样通过血球计数板进行质检操作呢？将血球计数板擦拭干净，取干净的盖玻片盖在计数板上；将细胞悬液混匀（或10µl台盼蓝+10µl细胞悬液），吸出10µl悬液至计数板上盖玻片的一侧使细胞核悬液铺满盖玻片和计数板之间；在显微镜下分别对V1/V2/V3/V4四个计数区域进行计数；按细胞计数公式进行计算，计算公式：细胞总数={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*悬液体积*稀释倍数，V1/V2/V3/V4为各个计数区的细胞数目，细胞活率=活细胞数目/总细胞数目*100%。上海微生物高通量测序项目

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